Pengklonaan Gen Nonstruktural 3 Virus Dengue Serotipe 2 (ns3 denv-2) Strain Indonesia ke dalam Plasmid umvc4a

Abstract

Abstrak Penyakit demam berdarah dengue (DBD) masih menjadi salah satu masalah kesehatan utama dunia. Penyakit DBD disebabkan oleh virus dengue dari famili Flaviviridae yang terdiri atas empat serotipe. Genom virus dengue terdiri atas tiga gen penyandi protein struktural dan tujuh gen penyandi protein nonstruktural. Protein nonstruktural-3 (NS3) merupakan protein yang memiliki beberapa fungsi, yaitu dalam pemrosesan poliprotein, replikasi dan capping RNA, serta sebagai target utama respons imun selular, baik sel T CD4+ maupun sel T sitotoksik CD8+. Protein tersebut mengandung banyak epitop yang dapat dikenali oleh sistem imun humoral maupun selular. Oleh karena itu, protein NS3 merupakan target potensial bagi pengembangan vaksin dengue. Penelitian ini bertujuan memperoleh klon gen NS3 dalam pUMVC4a. Gen NS3 diamplifikasi dengan teknik PCR. Gen NS3 dan pUMV4a didigesti dengan enzim PstI dan NotI, kemudian diligasi menggunakan enzim T4 ligase dan ditransformasi ke dalam sel Escherichia coli DH5α. Visualisasi hasil isolasi plasmid rekombinan menunjukkan empat rekombinan memiliki pola migrasi yang lebih tinggi dibandingkan dengan plasmid wild-type. Verifikasi insert dan analisis orientasi dengan PCR dan sekuensing menunjukkan sisipan gen NS3 dalam pUMVC4a dengan orientasi yang benar.
Kata kunci: dengue, nonstruktural 3 (NS3), vaksin

Abstract Dengue haemorrhagic fever (DHF) remains one of the world’s major health problems. Dengue fever is caused by dengue virus of the family Flaviviridae, which consists of four serotypes. Dengue virus genome consists of three genes encoding structural proteins and seven genes encoding nonstructural proteins. Nonstructural protein 3 (NS3) is a multifunctional protein that function in polyprotein processing, replication and RNA capping, as well as the main target of cellular immune responses, both CD4 T cells and CD8 cytotoxic T cells. It has many epitopes that can be recognized by the humoral and cellular immune system. Therefore, the NS3 protein is a potential target for the development of dengue vaccine. This study aims to obtain the NS3 gene in the pUMVC4a vector. NS3 gene was amplified by PCR. NS3 gene and plasmid were digested with enzymes PstI and NotI, then ligated using T4 ligase enzyme and transformed into Escherichia coli DH5α cells. Visualization of the isolated recombinant plasmid showed four clones have migration peatern higher than migration of plasmid of wild type. Verification the orientation of the insert by PCR and sequencing analysis showed that NS3 gene was inserted in pUMVC4a with the correct orientation.
Key words: dengue, nonstructural 3 (NS3), vaccine